A Környezetügyi Államtitkárságot dr. Illés Zoltán vezeti. Az államtitkárság feladata a fenntartható fejlődés megteremtése, a levegő, a víz, a talaj védelme, és a természet értékeinek megőrzése.
Különböző intézkedéseivel segíti a környezeti zaj és rezgés okozta károk csökkentését, illetve a megújuló energiaforrások használatának növelését. A hulladékgazdálkodás területén végzett munkájának célja, hogy csökkentse a szennyezést és segítse a keletkezett hulladék-mennyiség újrahasznosítását és korszerű kezelését.
Az államtitkárság érvényesíti a környezetvédelmi szempontokat a törvényhozásban, a gazdasági és a mindennapi életben is. Támogatja a kutatás-fejlesztést, illetve növelni kívánja a vízügy és környezetvédelemi oktatás színvonalát. Irányítja és támogatja az Országos Meteorológiai Szolgálat munkáját. Szakmai felügyelete alá tartozik emellett a Hortobágyi Halgazdaság Zrt. és a Hortobágyi Természetvédelmi Génmegőrző Nonprofit Kft. működése is. A Környezetügyi Államtitkárság szervezetileg két helyettes államtitkárságot foglal magában, a Környezet- és Természetvédelemért Felelős Helyettes Államtitkárságot és a Vízügyekért Felelős Helyettes Államtitkárságot.
A Környezet- és Természetvédelemért Felelős Helyettes Államtitkárság látja el a szervezetirányítással kapcsolatos feladatokat a Környezetvédelmi, Természetvédelmi és Vízügyi Főfelügyelőség és Felügyelőségek, illetve a Nemzeti Park Igazgatóságok működésében. Koordinálja a területi szerveket, jóváhagyja az általuk meghozott döntéseket és gondoskodik az egységes környezetvédelmi, természetvédelmi jogalkalmazási gyakorlat kialakításáról. Emellett az államtitkárság biztosítja a minisztérium tevékenységi köre által lefedett munkavállalók és civil szervezetek érdekvédelmét és a folyamatos párbeszédet.
A Vízügyekért Felelős Helyettes Államtitkárság pedig a Környezetvédelmi és Vízügyi Igazgatóságok működésének szakmai irányításában vesz részt, mely során arra törekszik, hogy Magyarország nemzetközi viszonylatában is kiemelkedő vízkincsét a fenntartható fejlődés szolgálatába állítsa.