A Közigazgatási Államtitkárságot Farkas Imre irányítja. A közigazgatási államtitkár vezeti a minisztérium hivatali szervezetét, biztosítja annak összehangolt működését. Előkészíti a minisztérium szervezeti és működési szabályzatát, javaslatot tesz a minisztérium munkatervére és folyamatosan figyelemmel kíséri a munkaterv teljesítését. Összehangolja a miniszternek a kormány munkatervéhez tett javaslatai előkészítését, ellenőrzi a jogszabályokban, az állami irányítás egyéb jogi eszközeiben, a munkatervben és a miniszteri döntésekben meghatározott műveletek végrehajtását.

Nyilvántartja a kormány határozataiban és munkatervében előírt határidős műveleteket, és ellenőrzi végrehajtásukat. A feladatellátáshoz szükséges kormányzati és minisztériumi vezetői döntésekről rendszeresen tájékoztatja a helyettes államtitkárokat és az önálló szervezeti egységek vezetőit. Felel a beérkező előterjesztések, jelentések, jogszabályok, tervezetek észrevételezésének és véleményezésének összehangolásáért, ellenőrzi a véleményezési határidők megtartását.

A közigazgatási államtitkár meghatározza a minisztérium működésének pénzügyi feltételeit, biztosítja a minisztériumi munkarend, ügyintézés és iratkezelés, valamint a gazdálkodás szabályainak megtartását. Gyakorolja a munkáltatói jogokat a minisztérium állományába tartozó kormánytisztviselők felett. Koordinálja a személyzeti ügyek intézését, felelős a minisztérium humánerőforrás-gazdálkodásáért és társadalmi kapcsolatainak ápolásáért. Figyelemmel kíséri a minisztérium informatikai, nyilvántartó és szolgáltató rendszereinek hiteles, megbízható és biztonságos üzemeltetését, irányítja a minősített adatok védelmével kapcsolatos feladatok ellátását, valamint kialakítja, működteti és irányítja a belső ellenőrzést.

A közigazgatási államtitkár a kormányzati döntés-előkészítéssel összefüggő feladatkörben részt vesz a közigazgatási államtitkári értekezleten és biztosítja a miniszteri döntésekhez szükséges információk, háttéranyagok időben történő összeállítását, valamint a miniszteri döntésekből eredő feladatok megvalósulását. A közigazgatási államtitkár közvetlenül irányítja az európai uniós és nemzetközi ügyekért felelős helyettes államtitkár, a gazdasági ügyekért felelős helyettes államtitkár, a jogi és koordinációért felelős helyettes államtitkár, a Humánigazgatási Főosztály, a Jogi Főosztály, Jogi Képviseleti és a Koordinációs Főosztály tevékenységét. A közigazgatási államtitkárt akadályoztatása esetén a gazdasági ügyekért felelős helyettes államtitkár helyettesíti.