Az EU Ügyekért Felelős Államtitkárság Győri Enikő államtitkár vezetésével működik. Az EU-ügyekért felelős államtitkár felel az Európai Unió politikáiból eredő és az európai uniós tagsághoz kapcsolódó kormányzati feladatok tárcaközi összehangolásáért.
Győri Enikő helyettese Ódor Bálint európai uniós ügyekért felelős helyettes államtitkár, aki egyben a Külügyminisztérium európai igazgatójának tisztét is betölti. Ódor Bálint felügyeli az EU Koordinációs Főosztály, az EU Gazdaságpolitikai Főosztály, valamint az EU Bel- és Igazságügyi és Bővítési Főosztály tevékenységét. Baranyai Gábor ágazati politikáért felelős helyettes államtitkár az EU Ágazati Politikák Főosztálya és az EU Belső Piaci és Jogi Főosztály tevékenységéért felel.
Az EU-ügyekért felelős államtitkár felügyeletet gyakorol továbbá az Európai Unió mellett működő brüsszeli Állandó Képviselet felett is (az Állandó Képviselet Közös Kül- és Biztonságpolitikai Hivatalának kivételével).
Az államtitkárság gondoskodik a Kormány Európa-politikájának előkészítéséről és koordinációjáról, továbbá nyomon követi annak végrehajtását. Ennek keretein belül segíti a külügyminisztert a hatáskörébe tartozó, Európai Unióval kapcsolatos feladatok végrehajtásában.
Az államtitkárság felelős a hetente ülésező Európai Koordinációs Tárcaközi Bizottság (EKTB) működtetéséért, valamint az európai uniós intézményekkel való aktív kapcsolattartásért is. Az államtitkárság gondoskodik továbbá az állam- és kormányfőket tömörítő Európai Tanács, valamint a külügyminisztereket tömörítő Általános Ügyek Tanácsa üléseinek hazai előkészítéséről.
Az államtitkárság alapvető feladata emellett annak biztosítása, hogy Magyarország egy konzekvens és értékorientált Európa-politikán keresztül képes legyen érdekeit megfelelő módon, a lehető legeredményesebb eszközökkel képviselni. Az államtitkárság tevékenységének célja, hogy hazánk aktívan hozzájáruljon az Európai Unió hosszú távú terveinek megvalósításához, egyúttal arra is törekszik, hogy a magyar nemzeti érdekek becsatornázása a szükséges szakmai előkészítést követően sikeresen menjen végbe.
2011 első félévében Magyarország töltötte be az Európai Unió Tanácsának soros elnöki tisztjét, amelynek szakmai előkészítését és lebonyolítását szintén az államtitkárság látta el.