A Honvédelmi Minisztériumot Dr. Hende Csaba honvédelmi miniszter vezeti, aki a katonai nemzetbiztonsági szolgálatok, és a Magyar Honvédség irányítója. Az egyes szakterületek élén államtitkárok, illetve helyettes államtitkárok állnak.
A Honvéd Vezérkar főnöke Dr. Benkő Tibor vezérezredes.
A minisztérium hivatali működéséért dr. Dankó István közigazgatási államtitkár, míg a parlamenttel való kapcsolattartásért Vargha Tamás parlamenti államtitkár felel.
A többi szakterületet helyettes államtitkárok irányítják:
Siklósi Péter a Honvédelmi Minisztérium védelempolitikáért és védelmi tervezésért felelős helyettes államtitkára,
Dr. Borbíró Zoltán a Honvédelmi Minisztérium védelemgazdaságért felelős helyettes államtitkára.
A Honvédelmi Minisztérium rendeltetése kettős. Egyrészt mint a honvédelem közigazgatási funkcióját ellátó szerv, gondoskodik az ország honvédelemi, védelempolitikai illetve védelemgazdasági céljainak formálásáról, konkrétan az országvédelem tervezéséről, szervezéséről, valamint a honvédelmi kérdésekkel kapcsolatos döntések előkészítésről, katonadiplomáciai feladatok ellátásáról. Másrészt, a minisztérium a Magyar Honvédség részeként felelős annak irányításáért, valamint katonai vezetésért és védelmének megtervezéséért.